A faunaanalízis módszere azt használja ki, hogy a különböző állatfajok csak meghatározott környezeti, időjárási feltételek között képesek az életben maradásra, szaporodásra. A hőmérsékleti viszonyok különösen fontosak ebből a szempontból. A hőmérsékletre szűktűrésű állatfajok ideálisak, amelyek a hőmérsékleti feltételek aránylag kismértékű változására is észlelhetően változtatják egyedszámukat, esetleg eltűnnek. Az egyes ma élő fajok környezeti igényeinek ismeretében meghatározhatók a korábbi hőmérsékleti és csapadékviszonyok abban az időszakban, amelyben ezek a fajok előfordulnak.

Barlangokban, finomrétegtani módszerekkel, ahol a környék kisrágcsálóinak csontjai háborítatlanul, nagy vastagságban halmozódhattak fel hosszú időn keresztül megfelelő faunavizsgálatot végezhetünk. Így készült el az érdekes „pocok hőmérő”. Ennek az alapja az, hogy a különböző pocokfajok számára eltérő hőmérsékleti feltételek az ideálisak. A mezei pocoknak 21°C, a csalitjáró pocoknak 19°C, a vízi pocoknak 17,5°C, az erdei pocoknak 15°C, a patkányfejű pocoknak 12,5°C, a szibériai pocoknak 10°C, míg az örvös lemmingnek 7,5°C a legmegfelelőbb júliusi középhőmérséklet (Kordos, 1978).

Az egyes üledékrétegek százalékos fajösszetételi aránya alapján rekonstruálta a holocén időszak hőmérsékleti viszonyait. A módszer bizonytalansága a rétegek elhatárolásának bizonytalanságában és a kormeghatározás pontatlanságában rejlik.

Sümegi (2001) a pleisztocén-holocén időszakra készített éghajlati rekonstrukciót malakológiai vizsgálatai alapján. A tavi mocsári üledékekben, talajokban, ha azok nem bolygatottak és szélsőségesen savanyúak jól konzerválódnak a mollusca héjjak. A különböző vízi és szárazföldi csigafajok szintén érzékeny indikátorai a hőmérsékleti és nedvességviszonyoknak, jelzik, hogy az adott időszakban szárazföldi vagy tavi mocsári üledékképződés zajlott az adott területen. Üledéksorozatokban a különböző fajok aránya alapján rekonstruálhatók az adott élőhely éghajlati, őskörnyezeti viszonyai.