A génkifejeződés mintázatait gyakorta használják együtt a morfológiai, összehasonlító embriológiai, filogenetikai adatokkal, hogy alátámasszák egy morfológiai jelleg fejlődésgenetikai és evolúciós eredetét. Fejlődésgenetikai adatokra, elsősorban mutánsokra vonatkozó fenotípus információkra, vagy bizonyos géneket a normálistól jelentősen eltérő mértékben kifejező élőlényekre van szükség ahhoz, hogy egyértelműen bizonyítani lehessen, hogy az adott génre szükség van a kérdéses szövet vagy struktúra fejlődéséhez.

Szép példa a mutáns fenotípus felhasználására evolúciós hipotézis megalkotásához a kétszikűek virágjának elemzéséből kisarjadó látványos elmélet.

A kétszikű transzkripciós faktorok három családja, A, B és C szükséges a négy koncentrikus virágkör, a csészelevelek, a szirmok, a porzók és a termők kialakításához. A csészeleveleket az A osztályú transzkripciós faktorok magukban határozzák meg, a sziromkört az A és B átfedő kifejeződése, a porzókört a B és C osztályoké, míg a termőt a C osztályé egyedül. Ha az egyik gén osztály nem fejeződik ki a virág fejlődése alatt, egyik struktúra egy másikká konvertálódik. A kétszikű Arabidopsis thalianában például a B-típusú apetala3 (AP3) mutációja a sziromleveleket csészelevelekké, a porzókat termőkké alakítja 22. ábra. Az ABC osztályok génjeinek homológjai megvannak az egyszikűeknél is, mutáns fenotípusaik és kifejeződési mintázatuk is hasonló, ami arra utal, hogy a virágmintázatot kialakító rendszer ősi, és a régen megsejtett homológiák a különböző növénytaxonok virágzatában minden szempontból helytállóak. Nukleotid szekvencia adatok alapján nyilvánvalóvá vált az is, hogy az ABC rendszer jóval a zárvatermők megjelenése előttről eredeztethető, és a B és C osztályba tartozó gének hasonló mintázattal fejeződnek ki már a virágos növényektől több mint 300 millió éve elkülönült nyitvatermőkben is. A gének ősi funkciója minden bizonnyal a hím és női reproduktív szervek mintázatának kialakítása lehetett.